Peru Paradise TravelNel 1535 la capitale della nuova colonia venne spostata da Cuzco, situata troppo all’interno, nella nuova città di Lima, fondata sul mare per favorire i collegamenti con la madrepatria spagnola.
Nel 1536, l’imperatore Manco Inca Yupanqui (conosciuto anche come Manco Cápac II), giunse quasi alla riconquista di Cuzco, ma fu in seguito sconfitto e ucciso a Vilcabamba, dove si era ritirato, nel 1544.
Si aprirono contese anche tra gli stessi Diego de Almagro e Francisco Pizarro, entrambi morti assassinati (Almagro nel 1538 e Pizarro nel 1541). Nel 1542 venne ufficialmente istituito il vicereame del Perù, che ebbe come viceré prima Blasco Núñez Vela e quindi Pedro de la Gasca, i quali domarono le rivalità interne.
Il vicereame venne consolidato con i viceré Andrés Hurtado de Mendoza e Francisco de Toledo, ma la resistenza incaica contro gli occupanti venne definitivamente domata, tuttavia, solo con la sconfitta e uccisione di Túpac Amaru, nel 1572.
Nei secoli successivi la colonia si sviluppò in assenza di particolari conflitti e, mentre Cuzco decadeva, nonostante la presenza della scuola d’arte della Escuela Cuzqueña, Lima accresceva la propria prosperità, divenendo la città più importante della regione andina.
Nel 1781 gli indigeni, costretti al lavoro in miniera si ribellarono sotto la guida di José Gabriel Condorcanqui, che prese il nome di Túpac Amaru II, ma la rivolta venne soffocata con il massacro di oltre 80.000 indigeni.